1) в абзаце первом статьи 9-1 слова "Таможенное оформление, таможенный и пограничный контроль" заменить словами "Пограничный контроль";
2) дополнить статьями 9-3, 9-4 и 9-5 следующего содержания:
Открытие и закрытие станций на участках, которые входят в состав российских железных дорог, расположенных на территории Республики Казахстан, имущество которых является собственностью Российской Федерации, а также примыкание железнодорожных путей необщего пользования к инфраструктуре железнодорожного транспорта, принадлежащей Российской Федерации и расположенной на территории Республики Казахстан, осуществляются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.
Открытие и закрытие станций на участках, которые входят в состав казахстанских железных дорог, расположенных на территории Российской Федерации, имущество которых является собственностью Республики Казахстан, а также примыкание железнодорожных путей необщего пользования к инфраструктуре железнодорожного транспорта, принадлежащей Республике Казахстан и расположенной на территории Российской Федерации, осуществляются в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан.
Пропуск через государственную границу пассажирских и грузовых поездов, следующих транзитом с территории Республики Казахстан через территорию Российской Федерации назначением в Республику Казахстан без остановки на территории Российской Федерации, а равно пассажирских и грузовых поездов, следующих транзитом с территории Российской Федерации через территорию Республики Казахстан назначением в Российскую Федерацию без остановки на территории Республики Казахстан, осуществляется без проведения контрольных процедур, в том числе без осуществления пограничного контроля.
В случае остановки пассажирского или грузового поезда, следующего транзитом, пограничный и иные виды контроля осуществляются только в отношении входящих и (или) выходящих лиц.
Приграничные субъекты государств Сторон (в Республике Казахстан - местные исполнительные органы Республики Казахстан, в Российской Федерации - органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации) для организации перевозок пассажиров по участкам железных дорог Республики Казахстан, расположенным на территории Российской Федерации, и участкам железных дорог Российской Федерации, расположенным на территории Республики Казахстан, с учетом условий, действующих на железных дорогах Сторон, разрабатывают и утверждают:
правила проведения конкурса по определению перевозчиков, осуществляющих железнодорожные пассажирские перевозки, расходы которых подлежат субсидированию за счет бюджетов соответствующих приграничных субъектов государств Сторон;
правила субсидирования расходов перевозчиков, связанных с осуществлением железнодорожных пассажирских перевозок;
методику определения объемов субсидирования расходов перевозчиков, связанных с осуществлением железнодорожных пассажирских перевозок.".

Совершено в городе Астана 4 октября 2016 года в двух экземплярах, каждый на казахском и русском языках, причем оба текста имеют одинаковую силу. В случае возникновения разногласий для целей толкования настоящего Протокола используется текст на русском языке.
За Правительство
Республики Казахстан
За Правительство
Российской Федерации